Seus dados isolados, e tudo auditado
Banco de dados separado por empresa, certificado e credenciais criptografados, e registro de quem fez o quê.
Cada transportadora tem o próprio banco de dados. Não é uma coluna separando clientes numa tabela comum. O isolamento é físico.
Certificado A1, senhas e credenciais de integração ficam criptografados e nunca voltam para a tela. Login, alteração de cadastro e troca de ambiente fiscal ficam registrados na auditoria, com usuário e data. Tratamento de dados conforme a LGPD, com finalidade declarada e consentimento registrado no que é comunicação.