Configuração inicial da base

Ordem recomendada

1. Filiais: em Cadastros → Filiais, confira a matriz e cadastre as filiais que vão emitir. Cada uma tem UF e numeração próprias, e pode ter RNTRC e ambiente SEFAZ próprios, o que ajuda a migrar um CNPJ de cada vez.
2. Certificado digital A1: em Fiscal → Configuração Fiscal → Certificado A1, suba o arquivo .pfx de cada filial e valide a senha. É ele que assina CT-e, MDF-e e CIOT.
3. Parâmetros fiscais e séries: em Fiscal → Configuração Fiscal → Parâmetros Fiscais, defina ambiente SEFAZ, regime tributário, série e próximo número de CT-e e MDF-e junto com a contabilidade.
4. Tributação: em Fiscal → Configuração Fiscal → Tributação ICMS e Tributação IBS/CBS, confira as regras que definem o imposto do CT-e. Sem elas o documento sai com o padrão do sistema, o que raramente é o que a sua contabilidade espera.
5. Usuários: em Configurações → Usuários, convide a equipe com o perfil certo (Administrador, Fiscal, Financeiro, Operacional, Motorista ou Visualizador).
6. Frota: cadastre pelo menos um veículo (com RNTRC e eixos), um motorista (com CPF) e a transportadora.
7. Integrações: em Integrações (menu do seu usuário), cadastre as credenciais do que a sua empresa já contratou: CIOT, vale-pedágio, averbação de seguro, cobrança bancária.

Com isso pronto, você já consegue emitir o primeiro CT-e e montar o primeiro MDF-e. A tela Implantação acompanha esses passos e marca sozinha o que já foi feito.